يشار الى ان أجهزة الامن السورية اعتقلت الشيخ عبد الرحمن كوكي بتاريخ 22/10/2009 إثر عودته من قطر بعد مشاركته في  برنامج الاتجاه المعاكس الذي ناقش قرار شيخ الازهر منع النقاب ،وفي 10/2/2010 دانت محكمة الجنايات الاولى في دمشق الداعية السوري الشيخ عبد الرحمن الكوكي،و أصدرت حكما بالسجن لمدة سنتين بحقه بتهمة إثارة النعرات العنصرية والمذهبية وفقا للمادة ( 307 ) من قانون العقوبات السوري ،بعد ان بدلت الفاعلية الجرمية في القضية من جناية النيل من هيبة الدولة وفقا للمادة ( 285 )وجناية القيام بأعمال لم تجزها الحكومة تعرض سوريا لخطر أعمال عدائية أو تعكر صلاتها بدولة أجنبية وفقا للمادة (278) ،إلى جنحة إثارة النعرات العنصرية والمذهبية وخفضت العقوبة إلى السجن لمدة سنة واحدة للأسباب المخففة ولأنه طلب الرحمة والشفقة وطلب منحه الأسباب المخففة القانونية والتقديرية .
وكان الداعية عبد الرحمن كوكي أنكر في جلسة 7/1/2010 التهم الموجهة إليه وقال :"معاذ الله أن أكون قد أسأت للسيد رئيس الجمهورية او لسورية او نلت من هيبة الدولة فتاريخي يشهد لي بذلك وبالنسبة لإثارة النعرات الطائفية والمذهبية فان عضو لجنة حوار الأديان وأنا مع الوحدة الوطنية".
شاهد حديث الباحث عبد الرحيم علي على قناة "أون تي في"وعلى قناة الجزيرة